Кедровый создавался как военный городок для дислокации 36-й гвардейской Венской Краснознамённой ракетной дивизии. В июне 1962 года соединение было передислоцировано из Томска в Красноярск, во временный военный городок ракетчиков. Для строительства жилых и боевых объектов нового посёлка прибыло несколько тысяч военных и гражданских строителей, в том числе 700 бывших пограничников.
22 февраля 1964 года личный состав гвардейского ракетного соединения приступил к несению боевого дежурства. В октябре 1965 года посёлок, где располагалось ракетное соединение, был отнесён к категории рабочих посёлков закрытого типа с присвоением ему наименования «рабочий посёлок Кедровый (Красноярск-66)», а позднее — ЗАТО «Поселок Кедровый».
5 августа 1967 года на 39-й пусковой установке ракетной части 52634 произошёл несанкционированный запуск двигателей ракеты УР-100 и её внезапный взрыв. В результате трагедии погибли 13 человек, в том числе 11 военнослужащих дивизии и курсантов Пермского высшего военного училища, а также два представителя промышленных предприятий. В честь погибших на территории посёлка Кедрового установлен обелиск.
13 марта 2002 года командир дивизии отдал приказ о снятии её с боевого дежурства. По его команде была отключена аппаратура с высшими звеньями управления.
В соответствии с указом Президента России, подписанным 3 августа 2006 года, ЗАТО «Поселок Кедровый» упразднено с 1 января 2007 года.
